Skyddszoner rekommenderas längs vattendrag (sjöar, tjärnar, åar, älvar och bäckar) och småvatten (rännilar, källor, källområden, flador och glosjöar). Ju bredare skyddszon, desto större är nyttan med tanke på mångfalden och vattendragens tillstånd.
I skyddszonen lämnas busk- och trädskiktet, och särskilt sådana träd och buskar som ger skugga. Många olika faktorer inverkar på den optimala bredden på skyddszonen: vattendragets eller småvattnets egenskaper, vilken typ av beståndsbehandlling som ska utföras, skogsägarens målsättningar, vilket certifieringssystem som gäller på området samt skogslagen och vattenlagen.
Då skyddszonen planeras görs en bedömning av hur beståndsbehandlingen kan komma att påverka tillståndet i vattnen nedströms. Bredare skyddszoner rekommenderas särskilt längs småvatten, på erosionskänsliga områden och där marken lutar kraftigt.