Skyddszonernas inverkan på ekonomin beror av dels zonens storlek, dels av de åtgärder som utförs i zonen. En bred skyddszon som lämnas utan beståndsbehandling minskar den areal som är tillgänglig för virkesproduktion och den minskar också virkesfångsten, vilket sänker intäkterna från virkesförsäljning. Å andra sidan uppkommer inga förnyelsekostnader då området lämnas oavverkat.
Hur mycket avverkningsintäkterna minskar beror av vilket slags virke det förekommer i skyddszonen. Om där växer träd som har ett lågt ekonomiskt värde som t.ex. asp, rönn eller al, eller om träden har dålig kvalitet, behöver förlusten inte nödvändigtvis vara så stor. För en skogsägare som vill prioritera ekonomin lönar det sig att koncentrera naturvårdsträden till just skyddszonen.
I en skyddszon kan man utföra plockhuggning. Då måste man emellertid komma ihåg att beakta de begränsningar som skogscertifieringen sätter. PEFC-certifieringen tillåter plockhuggning i skyddszoner, medan det enligt FSC-certifieringen är förbjudet ifall syftet inte är restaurering eller naturvårdsavverkning på skyddszoner så som de är definierade i certifieringsstandarden.
De ekonomiska konsekvenserna av att lämna skyddszoner kan också påverkas genom god planering. Om skyddszonen avgränsas utgående från markens vattenhushållning och erosionsbenägenhet kan bredden tillåtas variera, vilket är ett mer kostnadseffektivt alternativ än att använda en enda standardbreddTiwari, T., J. Lundstrom, L. Kuglerov,H. et al. 2016. Cost of riparian buffer zones: A comparison of hydrologically adapted site-specific riparian buffers with traditional fixed widths, Water Resour.Res., 52, 1056–1069 Vuorio, V. Tikkanen, O-P., Mehtätalo, L., ym. 2015. The effects of forest management on terrestrial habitats of a rare and a common newt species. Eur J Forest Res 134:377-388.