En av nackdelarna med iståndsättningsdikning är att utsläppen av växthusgaser från den dikade torvmarken. Utsläppen kan minskas genom att bara rensa sådana diken som är nödvändiga att rensa med tanke på trädens tillväxt och att hålla dikena så grunda som möjligt, dock utan att trädens tillväxt påverkas negativt. På det här sättet bryts så litet torv ned som möjligt medan kolbindningen i träden stärks.
Inverkan på kolbalansen
Ju effektivare en torvmark har dränerats, desto större är utsläppen av växthusgaserna koldioxid och dikväveoxid (kväveoxidul, lustgas) Heiskanen, M., Bergström, I., Kosenius, A-K. & ym. 2020. Suometsien hoidon tuet ja niiden ilmasto-, vesistö- ja biodiversiteettivaikutukset. Luonnonvara- ja biotalouden tutkimus 7/2020. Luonnonvarakeskus (Luke).. Därför är det viktigt att göra dräneringen effektivare bara då den har en märkbar effekt på trädens tillväxt. I sådana fall kan den kolsänka som träden representerar stärkas så mycket att den under de närmaste decennierna uppväger de utsläpp som nedbrytningen av torven orsakar.
Upprepade iståndsättningsdikningar upprätthåller nedbrytningsprocessen i torven och därmed också utsläppen, särskilt på bördiga ståndorter som ört- och blåbärstorvmo. På lång sikt kan nedbrytningen av torv orsaka betydligt mer utsläpp än vad som kan bindas i kolförrådet i träden och träprodukter. I medeltal motsvarar kolförrådet i träd och träprodukter kolförrådet i ett 10-15 cm tjockt torvskikt. Det här betyder att dränering av bördiga torvmarker på lång sikt värmer upp klimatet i takt med att torvtäcket blir tunnare. Trädens avdunstning kan också ha en dränerande effekt, vilket på sikt leder till samma resultat, också utan iståndsättningsdikning.
Om ingen iståndsättningsdikning utförs leder det till att trädbeståndet efterhand växer allt sämre i takt med att dräneringen försämras, och kolförrådet i träden kan börja minska inom några decennier. Den minskade dräneringen leder å andra sidan också till att de utsläpp som härstammar från nedbrytningen av torv kan minska.
Särskilt på dikade torvmarker finns det en risk att det uppstår torvbränder som orsakar stora utsläpp av koldioxid.