Ojituksen kunnostuksen haittapuolena on kasvihuonekaasupäästöjen lisääntyminen turvemailla. Kunnostuksen aiheuttamia kasvihuonekaasupäästöjä voidaan vähentää kunnostamalla vain ojia, joiden perkaus on puuston kasvatuksen kannalta välttämätöntä, ja pitämällä ojat mahdollisimman matalina, mutta kuitenkin puuston kasvuolosuhteille riittävinä. Tällöin aiheutetaan mahdollisimman vähän turpeen ylimääräistä hajoamista ja toisaalta lisätään tehokkaasti puuston hiilensidontaa.
Vaikutukset hiilitaseeseen
Turpeen hajoaminen ja siitä johtuva ilmastoa lämmittävien hiilidioksidin ja typpioksiduulin päästöt ovat sitä suuremmat, mitä tehokkaammin suo on kuivattu Heiskanen, M., Bergström, I., Kosenius, A-K. & ym. 2020. Suometsien hoidon tuet ja niiden ilmasto-, vesistö- ja biodiversiteettivaikutukset. Luonnonvara- ja biotalouden tutkimus 7/2020. Luonnonvarakeskus (Luke).. Tämän takia kuivatusta on syytä tehostaa vain silloin, kun se parantaa merkittävästi puuston kasvua. Tällöin puuston vahvistuva hiilinielu voi lähivuosikymmenten aikana korvata turpeen lisääntyvän hajotuksen aiheuttamia päästöjä.
Toistuvat ojien kunnostukset ylläpitävät turpeen vähittäistä hajoamista ja siitä seuraavia kasvihuonekaasupäästöjä etenkin rehevillä ruoho- ja mustikkaturvekankaan kasvupaikoilla. Pitkällä aikavälillä turpeen hajoamisesta voi aiheutua huomattavasti enemmän päästöjä, kuin puuston ja puutuotteiden hiilivarasto voi sitoa ilmakehästä. Puuston ja puutuotteiden keskimääräinen hiilivarasto vastaa vain noin 10–15 cm paksuisen turvekerroksen hiilivarastoa. Siten rehevien soiden kuivattaminen lämmittää pitkällä aikavälillä ilmastoa, kun kasvupaikan turvekerros ohenee. Myös puuston haihdunta voi ylläpitää kuivatusta ilman ojien kunnostusta, jolloin turvekerros myös ohenee.
Jos ojia ei kunnosteta, puuston kasvuolosuhteet huononevat vähitellen kuivatuksen heiketessä ja puuston hiilinielu voi pienentyä vuosikymmenten kuluessa. Toisaalta kuivatuksen heikkeneminen voi myös vähentää turpeen hajoamisesta aiheutuvia päästöjä.
Turvemaihin liittyy paljon hiiltä vapauttavien turvepalojen riski erityisesti ojitetuilla soilla.